Прошло два года с момента завершения игры FF VII. Планета спасена, но цена тому очень велика – главная компания, управляющая миром и снабжающая электричеством огромный мегаполис Мидгар, уничтожена. Клетки Дженовы, попавшие в Поток Жизни, текущий сквозь всю Планету и всех ее живых существ, вступают с ним в конфликт. Из данного конфликта рождается болезнь – Геостигма, которую невозможно вылечить и которая ведет к неминуемой гибели. Главный герой одноименной игры, а заодно и фильма, Клауд, как и многие другие, оказывается поражен данной болезнью. Ко всему прочему, Клауд терзаемый муками совести из-за того, что он не смог защитить любимую девушку, Айрис и вследствие этого она была убита, уходит от друзей и ведет отшельнический образ жизни. Остатки компании Син-Ра ведут расследования в Северном Кратере, пытаясь понять, какое влияние на Планету оказал Сефирос и находят на месте расследования нечто интересное, но тут же подвергаются атаке неизвестных людей, похожих на друг друга словно братья. Молодые люди в черном, ищут некую Мать, а также называют Клауда своим братом и считают, что он прячет от них Мать...
Более того, начинают возвращаться мертвые товарищи Клауда. Сначала Зак, а потом и Айрис. Друзья опасаются, как бы не возвратились и враги. Они пытаются выяснить почему это происходит и заодно борются с сильверами.